در مواردی که درمان معمولی ریشه موفقیت‌آمیز نیست و عفونت در انتهای ریشه باقی می‌ماند، اپیکوکتومی انجام می‌شود. در این روش، با یک جراحی کوچک، نوک ریشه دندان برداشته شده و ناحیه آلوده تمیز می‌شود. سپس، انتهای کانال با مواد مخصوص پر می‌شود تا از گسترش عفونت جلوگیری شود. این جراحی معمولاً برای دندان‌هایی انجام می‌شود که دچار کیست یا عفونت‌های مزمن هستند و امکان درمان مجدد ریشه به‌صورت معمولی وجود ندارد. اپیکوکتومی یک راهکار مؤثر برای حفظ دندان‌هایی است که در غیر این صورت ممکن است نیاز به کشیده شدن داشته باشند.